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Master Biologie Végétale Intégrative

Zone de texte éditable et éditée

UE6 : Génomique fonctionnelle et structurale

UE6
Dominante : Génétique et Génomique

Objectifs pédagogiques

L’objectif est de permettre aux étudiants de mieux maîtriser les concepts et méthodologies des approches de génomique structurale et fonctionnelle. Il s’agira soit de compléter ou de mieux structurer les connaissances acquises en M1 et dans le tronc commun du M2 puis de montrer comment ces concepts et outils participent à l’innovation scientifique et sont dorénavant intégrés dans la recherche fondamentale et appliquée en lien avec les problématiques de la production végétale.

Contenu de l’enseignement (20h)

  • Introduction : les enjeux et applications de la génomique : du séquençage nouvelle génération (NGS) aux statistiques et bases de données

  • Le NGS : méthodes, bioinformatique et modélisation (prédiction de gènes, assemblage des génomes), et applications

  • Génomique fonctionnelle :
    • Concept et méthodes transcriptomiques, compréhension de la régulation du transcriptome et réseaux de gènes

    • Outils approfondis de clonage de gènes et d'analyse de la fonction des gènes.

  • L' épigénomique : processus épigénétiques chez les végétaux supérieurs et leur degré d’implication dans l’expression des gènes.

  • Métagénomique et biodiversité : Analyse de la diversité par (re)séquençage massif)

  • Exploration informationnelle des génomes par la bioinformatique.

  • Applications de la génomique fonctionnelle : vision intégrative des outils de la génomique en lien avec des questions de recherche